O WhatsApp pode reconhecer quais de seus contatos já estão usando o WhatsApp de forma fácil e rápida acessando a lista de contatos do seu telefone. Para apagar um contato, simplesmente apague o número de telefone dele da agenda do seu aparelho:
Apagar um contato do seu aplicativo de Contatos não apagará nenhum histórico de conversas que você tenha com ele.
Leia este artigo para aprender a apagar uma conversa.
Aprenda a apagar um contato em: Android | Windows Phone