每條 WhatsApp 訊息在從您裝置傳送出去前，均同樣會受到 Signal 加密協議的保護。若您向一個 WhatsApp 商業帳號發送訊息，訊息會被安全傳送至該商家所選擇的目的地。
WhatsApp 認定，使用 WhatsApp Business 應用程式與商家之間進行對話，或商家自行管理和儲存客戶訊息，這兩類通訊均受端對端加密保護。一旦訊息安全送達，將受該商家的隱私權政策限制。該商家可能會指派數名員工（甚至是其他承包商）來處理和回覆訊息。
部分商家1能夠選擇由 WhatsApp 的母公司 Facebook 來安全儲存訊息並回覆客戶訊息。雖然 Facebook 不會自動根據您的訊息來更動您看到的廣告，其他商家將有權利用接收到的對話來進行行銷活動，其中可能包括 Facebook 上刊登的廣告。您可以與商家聯絡，以深入暸解他們的隱私權政策。
請注意：端對端加密對話的加密狀態，無法在使用者不知情的情況下隨意變更。若想深入瞭解哪些對話受端對端加密保護，請詳讀我們的 白皮書。
WhatsApp 支付功能（已於部分國家推出）能作為各金融機構帳號之間的轉帳媒介。金融卡及銀行帳號均會受加密儲存，且存放於高度安全的網路之中。然而，由於金融機構無法在沒有掌握付款相關資訊的情況下順利處理交易，因此這些付款交易並不會經端對端加密保護。
WhatsApp 致力讓您知悉訊息的處理方式，如果您不想收到某人或特定商家的訊息，隨時都可直接在對話中封鎖對方，或在聯絡人名單中加以刪除。我們希望您能清楚掌握您的訊息會經如何處理，並且擁有一切必要的選項，為自己做出正確的決定。
12021 年起開放。