כדי לשמור על אבטחה, להגביל את שמירת הנתונים ולהגן על פרטיות המשתמשים שלנו, חשבונות WhatsApp נמחקים בדרך כלל לאחר 120 ימים של חוסר פעילות. חוסר פעילות משמעו, שמשתמש אינו מחובר ל-WhatsApp.
חשבון חייב להיות מחובר לאינטרנט כדי להיות פעיל. אם אפליקציית WhatsApp פתוחה במכשיר, אך לא קיים בו חיבור לאינטרנט, החשבון לא יהיה פעיל.
תוכן שאוחסן באופן מקומי במכשיר טרם מחיקת החשבון, יישאר שם עד ש-WhatsApp תמחק מהמכשיר. כשהמשתמש יירשם שוב ל-WhatsApp מאותו המכשיר, התוכן שאוחסן באופן מקומי יופיע שוב.