เพื่อรักษาความปลอดภัย จำกัดการจัดเก็บข้อมูล และปกป้องความเป็นส่วนตัวของผู้ใช้ โดยทั่วไปแล้วบัญชี WhatsApp จะถูกลบหลังจากที่ไม่ได้ใช้งานเป็นเวลา 120 วัน การไม่ได้ใช้งานหมายความว่าผู้ใช้ไม่ได้เชื่อมต่อกับ WhatsApp
ต้องมีการเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ตเพื่อใช้งานบัญชี หากผู้ใช้เปิด WhatsApp ในอุปกรณ์ของตนเองแต่ไม่มีการเชื่อมต่ออินเทอร์เน็ต ก็จะใช้งานบัญชีไม่ได้
เนื้อหาที่จัดเก็บไว้ภายในอุปกรณ์ของผู้ใช้ก่อนลบบัญชีจะยังคงอยู่จนกว่า WhatsApp จะถูกลบออกจากอุปกรณ์ เมื่อผู้ใช้ลงทะเบียน WhatsApp ในอุปกรณ์เครื่องเดียวกันอีกครั้ง เนื้อหาที่จัดเก็บไว้ภายในเครื่องจะปรากฏขึ้นอีกครั้ง