Em geral, contagens incorretas no identificador de notificação no ícone do WhatsApp estão relacionados a um problema no seu celular. Experimente esse passos para redefinir a contagem:

• Peça que alguém envie uma mensagem para você no WhatsApp. Receber uma nova mensagem deve atualizar a contagem automaticamente.
• Toque e segure o ícone do WhatsApp e arraste-o para o ícone de lixeira, que geralmente se encontra no topo da tela. Em seguida, arraste um novo ícone do WhatsApp da janela de aplicativos para a tela inicial do seu celular.
• Desinstale o WhatsApp. Nas Configurações do seu celular, toque em Dispositivo > Aplicativos > Gerenciador de aplicativos > Mais > Mostrar aplicativos do sistema > BadgeProvider > Armazenamento. O passo a passo descrito pode variar de acordo com o modelo do seu celular. Se preferir, abra o aplicativo de contagem do identificador de notificação e toque em Limpar dados, Em seguida, reinstale o WhatsApp.
• Nas Configurações do seu celular, toque em Sistema > Opções do desenvolvedor e certifique-se de que a opção Não manter atividades está desativada. Se você não tem acesso às Opções do desenvolvedor, pule esse passo.
• Nas Configurações do seu aparelho, toque em Dispositivo > Aplicativos > Gerenciador de aplicativos > WhatsApp > Armazenamento > Limpar dados. Você precisará confirmar seu número de telefone ao abrir o WhatsApp novamente.

A funcionalidade de contagem do identificador de notificação é fornecida pelo iniciador de aplicativos do seu celular, e não pelo WhatsApp. Se o problema persistir, entre em contato com o fabricante do seu celular.

Saiba como ativar a contagem de mensagens no seu app neste artigo.